Un troisième plan autisme (2013-2017) a été annoncé par le gouvernement Ayrault le 2 mai 2013. Il est doté de 205 millions d'euros, ce qui correspond à une progression de 18 millions par rapport au précédent. Il met l'accent sur les trois objectifs annoncés par François Hollande pendant la campagne :

• Diagnostic : le dépistage de l'autisme sera développé dès 18 mois
• Formation : 5 000 professionnels du secteur médico-social seront formés aux méthodes éducatives
• Prise en charge : seront créées 700 places pour les petits en unité d'enseignement en maternelle et 1 500 places d'accueil pour les adultes. Une plus grande intégration des familles doit également être mise en oeuvre.

En avril 2016, la secrétaire d'Etat aux personnes handicapées Ségolène Neuville s'est félicitée lors d'un bilan d'étape de la bonne réalisation du plan.

Un avis que ne partage pas Danièle Langloys, présidente de l’asso­ciation Autisme France, qui a souligné que la plupart des mesures n'avaient pas encore été mises en place à un an de l'échéance du plan, en particulier pour les adultes. A la fin du quinquennat, elle a estimé que l’offre d’interventions sur le territoire n’était toujours "ni cohérente ni satisfaisante".

Signe de cette insuffisance : le 15 juillet 2015, l’Etat a été condamné à verser plus de 240 000 euros à des familles d’enfants autistes pour "défaut de prise en charge adaptée". Selon LlUnion nationale des associations de parents, de personnes handicapées mentales et de leurs amis (Unapei), 47 000 autistes se trouvaient encore fin 2015 sans solution d’accompagnement.

Dans un rapport rendu en avri 2016, l'Inspection générale des affaires sociales (Igas) s'inquiétait d'un "retard considérable tant dans le diagnostic que dans la prise en charge". Mais il soulignait toutefois montre que "depuis les différents plans [autisme], les choses bougent", et que l’on était sorti de "l’indifférence et de l’immobilisme".

Avant de quitter l'Elysée, François Hollande a lancé la préparation du quatrième plan autisme, qui prendra la suite à partir de 2018. Il devrait notamment voir sa gouvernance renforcée, et les efforts sur la scolarisation des enfants autistes amplifiés.