Le troisième appel à projets sur les TCSP, sur le thème "transports collectifs et mobilité durable", est lancé le 7 mai 2013 par le ministère. 

Sur les 120 projets candidats, 99 sont finalement sélectionnés en décembre 2014 par le ministère (avec un an de retard). Celui-ci débloque une enveloppe de 450 millions d'euros qui vient contribuer à un investissement global de 5,8 milliards d’euros. La participation de l'Etat représente en moyenne 16% du montant des dépenses éligibles.

En février 2016, la Fédération Nationale des Associations d’Usagers des Transports (FNAUT) invite le gouvernement à lancer un quatrième appel en projet pour les transports en commun. Elle fait en effet valoir que le total des subventions accordées par l'Etat lors des trois premiers appels à projet (1,8 milliard) reste inférieur à l'engagement pris lors du Grenelle de l'environnement, en 2009 (2,5 milliards). Le secrétaire d'Etat au budget Christian Eckert refuse en septembre 2016, jugeant que ce n'est "pas d'actualité".